Das Flugkörpergeschwader war ein komplexer Verband. In der Führung des Verbandes wurde der Geschwaderkommodore von einem klassisch in die Sachgebiete S1 bis S6 und Truppenverwaltung gegliederten Geschwaderstab unterstützt. Diesem gehörten ca. 50 Soldaten und Beamte bzw. Angestellte an.

Der Geschwaderführung waren zwei Gruppen, die Einsatzgruppe und die Unterstützungsgruppe, unterstellt.